고체상 펩타이드 합성의 전 과정은 자동화되어 있다. 반응은 한 반응 용기 내에서 진행된다. 시약과 세척용 용매는 펌프에 의해서 자동으로 공급된다. 쉬지 않고 작동되기 때문에 하루에 8개 이상의 아미노산을 섞어서 폴리펩타이드로 만들 수 있다. 메리필드는 이러한 기술을 이용하여 단 27시간 만에 노나펩타이드인 브래디키닌을 합성하였다. 그리고 1969년에는 자동화된 합성장치를 이용하여 124개의 아미노산으로 구성된 효소인 리보뉴클레아제를 합성하였는데, 이는 각 아미노산 성분으로부터 합성된 최초의 효소이다.
369개의 화학반응과 11,391단계가 소요되는 합성이 단 6주만에 수행되었다. 자동화된 펩타이드 합성은 가끔 문제가 없는 것은 아니지만 이제는 일상화되어 있다. 지금까지 펩타이드와 단백질의 1차 구조를 결정하는 방법과 펩타이드를 실험실에서 합성하는 방법에 대해서 논의하였다. 이제 단백질의 구조를 보다 자세히 알아보라.
단백질은 여러 아미노산이 서로 묶여있는 긴 사슬로 되어있기 때문에, 그 모양은 다소 무정형 또는 짜임새가 없고 분명치 않은 것으로 생각할 수 있다. 그러나 이는 잘못된 생각이다. 많은 단백질이 순수한 결정 형태로 분리되었으며 이들은 분명한 모양을 가지는 고분자이다. 실제로 용액 속에서도 그 모양은 비교적 규칙적인 듯이 보인다. 이렇게 분명한 모양을 하는 원인이 되는 펩타이드 사슬의 구조적인 특징을 살펴보라.
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