우리가 매일 먹는 이 물질의 구조

간단한 아마이드는 평면 구조로 되어 있으며, 아마이드의 C-N 결합은 보통의 경우보다 짧고, 그 결합 주위로의 회전이 제한을 받고 있다는 것은 이미 논의한 바 있다. 공명의 결과인 결합의 평면성과 제한적인 회전은 펩타이드결합에서도 중요하다. 폴링과 동동 연구자들에 의해서 수행된 결정성 펩타이드의 X선 연구 결과 펩타이드결합의 정확한 기하학적인 구조가 밝혀졌다.

 

 

 

 

모든 펩타이드나 단백질에서 공통적으로 보이는 특징을 그림으로 알아보라. 펩타이드의 기하학적인 구조에 대해서 주목해야할 점은 다음과 같다. 첫째, 아마이드 기는 평면이다. 즉, 카보닐 탄소, 질소, 그리고 이들에 연결된 4개의 원자는 모두 동일 평면상에 위치해 있다. 아마이드의 C-N 거리가 짧고 질소 원자 주위의 결합각이 120도인 사실은 이것이 sp2 혼성을 하고 있고 질소와 카보닐 탄소가 이중결합의 성격을 하고 있음을 보여준다.

 

 

이처럼 펩타이드 결합이 다소 딱딱한 기하학적 구조를 하고 있고 회전이 자유롭지 않기 때문에 단백질이 잘 정의된 모양을 하고 있는 것이다. 아미드가 카보닐기와 N-H 기 사이에서 분자 간 수소결합이 쉽게 형성된다는 것은 이미 설명한 바 있다. 이러한 결합은 펩타이드 사슬에서 존재하며 중요한 의미를 갖는다.