항바이러스 약품은 바이러스가 세포막에 붙고 나서 마지막에 떨어져 나갈 때까지의 여러 단계 중 어느 한 단계를 방해하는 것을 목표로 하여 개발된다. 한가지 예를 들면 DNA 뉴클레오사이드와 매우 유사하면서도 DNA 합성을 봉쇄할 수 있는 분자를 고안하는 것이다. 이러한 아이디어에 기초하여 만들어진 항바이러스 약품의 예로는 북캐롤라이나에 있는 웰컴연구소와 공동연구자들에 의해서 개발된 아시클로비르가 있다.
이 약품은 천연의 뉴클레오사이드인 2'-디옥시구아노신을 모방하였는데, 다음 구조식에서 파란색으로 나타낸 바와 같이 단지 천연 분자의 당 부분을 제거한 구조를 하고 있다. ACV는 단순포진 바이러스에 대해서 효과가 있다. 이것은 1980년대 이후 임상적으로 사용되어 환자들의 고통을 줄이고 많은 생명을 구하는데 기여했다.
ACV는 특히 생식기에 생기는 헤르페스를 치료하는 데 유용하다. 이것은 바이러스의 복제에 필수인 최소한 두 효소, 촉매화반응을 선택적으로 방해하는 기능을 가지고 있다. 또한, ACV가 DNA 사슬 안으로 들어가면, 다음 뉴클레오 타이드 단위를 공격하는데 필요한 3'-하이드록시기가 없기 때문에 연쇄 반응 종결제로 작용한다.
또 다른 바이러스성 질병인 AIDS는 전 세계에 널리 퍼진 유행병이다. HIV에 감염된 사람들을 치료하기 위해서 몇 가지 뉴클레오사이드 유사체가 개발되었다. 그 중에서도 DNA 뉴클레오사이드 2'-디옥시티미딘의 유사체인 지도부딘이 가장 오랫동안 사용되어 왔다.
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